Οι στάσεις του μετρό από τα ανατολικά έως και τα δυτικά είναι 13 και συγκεκριμένα είναι: Νέα Ελβετία, Βούλγαρη, 25ης Μαρτίου, Ανάληψη, Φλέμινγκ, Ευκλείδης, Παπάφη, Πανεπιστήμιο, Συντριβάνι, Αγίας Σοφίας, Βενιζέλου, πλατεία Δημοκρατίας, Νέος Σιδηροδρομικός Σταθμός.
Εντός του 2025 θα παραδοθεί προς χρήση η επέκταση προς την Καλαμαριά, με τους εξής σταθμούς: Νομαρχία, Καλαμαριά, Αρετσού, Νέα Κρήνη, Μίκρα. Με την ολοκλήρωση της κατασκευής του Βασικού Έργου και της Επέκτασης προς Καλαμαριά, αναμένεται να εξυπηρετούνται καθημερινά 313.000 επιβάτες. Επιπροσθέτως, με τη λειτουργία του έργου στο σύνολο του, θα κυκλοφορούν καθημερινά περίπου 57.000 ΙΧ οχήματα λιγότερα, επιφέροντας αντίστοιχα μείωση των ρύπων CO2 κατά 212 τόνους ημερησίως.
Κάθε ένας από τους 18 συρμούς του μετρό Θεσσαλονίκης θα έχει έξι βαγόνια, συνολικής χωρητικότητας 460 επιβατών. Οι συρμοί θα περνούν ανά 3,5 λεπτά από τους σταθμούς, με τη συνολική απόσταση από τον πρώτο έως τον 13ο σταθμό να καλύπτεται εντός 17 λεπτών. Όταν προστεθούν άλλοι 15 συρμοί, με την παράδοση της επέκτασης προς την Καλαμαριά, η συχνότητα θα μειωθεί στο 1,5 λεπτό.
Ο αρχικός σχεδιασμός είναι το Μετρό Θεσσαλονίκης να λειτουργεί καθημερινά από τις 5:30 το πρωί έως τις 00:30 μετά τα μεσάνυχτα. Την Παρασκευή και το Σάββατο, το μετρό θα λειτουργεί μέχρι τις 02.00 ώστε να εξυπηρετεί την αυξημένη νυχτερινή κίνηση της πόλης.